بر اساس مصوبه اصلاحی دولت، مابه التفاوت نرخ سود پرداختی به مسکن مهر شهری و روستایی تا نرخ مصوب شورای پول و اعتبار تا پایان سال ۱۳۹۵ به حساب درآمد بانک عامل بخش مسکن منظور می‌شود.
طبق مصوبه های دولت، تسهیلات پرداختی بابت مسکن مهر تا سقف ۲۵۰ میلیون ریال، مشمول تضمین یارانه نرخ سود بوده که بر این مبنا، نرخ سود این تسهیلات برای شهر تهران معادل ۹ درصد، برای مراکز استان‌ها هفت درصد و برای سایر شهرها و روستاهای کشور معادل چهار درصد است.