متن حکم رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرّحمن الرّحیم
جناب حجةالاسلام والمسلمین آقای حاج سیداحمد خاتمی دامت توفیقاته
با عنایت به اینکه جناب آیت‌الله آقای حاج شیخ محمد یزدی دام‌بقائه پس از سال‌ها حضور ارزنده در مسئولیت‌های گوناگون جمهوری اسلامی و عضویت در شورای نگهبان بخاطر عوارض جسمی و کهولت از آن شورای محترم کناره‌گیری کرده‌اند، با تشکر از ایشان جنابعالی را به عضویت در شورای نگهبان منصوب می‌کنم و مزید توفیقات آن شورا و شخص جنابعالی را از خداوند مسألت می‌نمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۱۱ آبان ۱۳۹۹