این وصیت فرای بحث برانگیز شده است. مخالفان او که بیشتر وابستگان سیاسی اصولگرایانند معتقدند او نباید در اصفهان و در حاشیه زاینده رود به خاک سپرده شود. از سوی دیگر موافقان او می گویند او یک ایران شناس برجسته است و به پاس خدماتش به ایران باید به وصیتش عمل کرد.
چالش خاکسپاری فرای در تهران بر روی میز مقامات عالی کشور قرار گرفت. محمد جواد ظریف وزیر امور خارجه ایران طی نامه ای به محمد نهاوندیان از رییس دفتر رییس جمهور درخواست کرد که هر تصمیمی که درباره "خاکسپاری فرای" گرفته می شود، وزارت امور خارجه در جریان آن قرار گیرد.
نامه ظریف در رسانه ها منتشر شد، این نامه پس از آن نوشته شده است که کاظم موسوی بجنوردی، رئیس مرکز دایره‌المعارف اسلامی در ایران، از مقامات عالی دولتی خواست، کمک کنند ریچارد فرای در کنار زاینده‌رود آرام بگیرد.
بجنوردی در
نامه‌ای سرگشاده به حسن روحانی، رئیس‌جمهوری، محمدجواد ظریف، وزیر خارجه، و رسول زرگر، استاندار اصفهان، گفت که فرای او را وصی خود کرده بود تا ترتیب خاک‌سپاری‌اش در اصفهان را بدهد.
تاکنون مقامات دولت موضع گیری شفافی در این باره نداشته اند و هنوز خاکسپاری این پژوهشگر در ابهام قرار دارد. به نظر می رسد سکوت مقامات دولتی از موضعگیری منفی مخالفان سیاسی نشات می گیرد. در روزهای اخیر برخی چهره های اصولگرا تلاش هایی را برای ممانعت از خاکسپاری فرای در اصفهان صورت داده‌اند.
احمد سالک نماینده اصفهان و رییس کمیسیون فرهنگی مجلس شورای اسلامی از افرادی است که به مخالفت تند و تیز با عمل به وصیت فرای پرداخته است. سالک روز چهارشنبه در
تذکر شفاهی به رئیس جمهور و وزیر کشور گفت: «هر چه سریعتر جلوی ورود جنازه پلید ریچارد فرای جاسوس سازمان سیای آمریکا به اصفهان و دفن در جوار استاد سارقش پوپ در زاینده رود گرفته شود»
او گفت: «پوپی که با رضا قلدر دیدار کرد، سارق محراب هزار و چند صد ساله مسجد اصفهان که در موزه نیویورک است، بود. شاگرد او که مشاور بنیاد ملی اشرف پهلوی است و در دهه 70 برای جمع آوری اطلاعات به ایران آمد و از دولت خاتمی تقدیرنامه گرفت. اجازه ندهید قطاع‌الطریق فرهنگی اسلامی ایران در اصفهان دفن شود، در این صورت هر اتفاقی بیفتد به عهده مسئولین است.»
اشاره احمد سالک به آرتور پوپ مورخ آمریکایی هنر ایران است که در اصفهان به خاک سپرده شده است. بنا به اعلام خانواده ریچارد فرای او ترجیح داده است که در کنار مقبره پوپ دفن شود.
این در حالی است که
علی مطهری دیگر عضو کمیسیون فرهنگی مجلس معتقد است باید اجازه دفن فرای در اصفهان صادر شود. او فرای را "ایران دوست" خواند.
اما یک روز پس از موضعگیری نماینده اصفهان، گروهی که از تصاویر به نظر میرسد چند ده نفر بوده‌اند، در مقابل مقبره آرتور پوپ تجمع کردند و نوشته‌هایی درباره مخالفت با خاکسپاری ریچارد فرای روی دیوار آن چسباندند.
تجمع در مقابل مقبره پوپ بازتاب گسترده ای در رسانه ها داشته است، بسیاری از کاربران شبکه های اجتماعی این عمل را زیر سوال برده اند و از آن ابراز تاسف کردند.
اتهام جاسوسی به ریچارد فرای با پاسخ همسر وی روبه رو شد. عدن نبی، همسر ایرانی‌آسوری ریچارد فرای، در واکنش به این اتهام ها جوابیه‌ای منتشر کرده و گفت که شوهرش هیچ‌گاه از سیا، سازمان اطلاعات مرکزی آمریکا، پول نگرفته است.
همسر ریچارد فرای در عین حال یادآوری کرد که فعالیت‌های "جاسوسی" فرای محدود به جنگ جهانی دوم و علیه آلمان نازی بوده است؛ موضوعی که پنهان نبوده و در نوشته‌های خود ریچارد فرای آمده است.
ریچارد فرای کیست؟
ریچارد نلسون فرای(Richard Nelson Frye) دهم ژانویه ۱۹۲۰ در خانواده‌ای سوئدی‌تبار در آلابامای آمریکا متولد شد.
فرای سپس به همراه خانواده به ایالت ایلینوی نقل مکان کرد. در دوران نوجوانی با مطالعه داستان‌های تاریخی به شرق و تاریخ آن علاقمند شد و به همین سبب هم‌زمان با تحصیل در رشته فلسفه در دانشگاه ایلینوی، در رشته تاریخ نیز به تحصیل پرداخت و زبان عربی و ترکی و هنرهای اسلامی را آموخت.
او پس از گذراندن دوره‌های چین‌شناسی و باستان‌شناسی چین و ژاپن، زبان فارسی هم آموخت. او علاوه بر زبان های ترکی، عربی، فارسی به چند زبان اروپایی نیز تسلط داشت.
در سال‌های ۱۹۴۳ و ۱۹۴۴ به ایران و افغانستان و هند سفر کرد و در این سفرها به آثار باستانی علاقه وافری یافت. در سال ۱۹۴۶ با ارائه ترجمه کتاب تاریخ بخارای از انجمن بورسیه‌های دانشگاه هاروارد بورسیه شد و در دانشکده مطالعات مشرق‌زمین و آفریقا در لندن به تحصیل زبان سغدی و پهلوی پرداخت و پس از بازگشت به هاروارد شروع به تدریس انسان‌شناسی و تاریخ و مذاهب خاورمیانه کرد و هم‌زمان زبان ارمنی را آموخت. به سبب تلاش وی برای ایجاد کرسی تدریس زبان ارمنی و ارمنی‌شناسی در دانشگاه هاروارد، لقب «ارمنی افتخاری» را دریافت کرد.
تلاش‌های او منجر به ایجاد کرسی تدریس مطالعات ایرانی در دانشگاه کلمبیا شد و به عنوان اولین استاد کرسی مطالعات ایرانی منصوب شد. بعدها آن‌جا را به قصد هاروارد ترک کرد.
هم‌چنین یکی دیگر از کارهای فرای در هاروارد، تأسیس مرکز مطالعات خاورمیانه بود. او یکی از بنیادگذاران مرکز مطالعات خاورمیانه در تهران بود و نخستین مدرسه تابستانی مطالعات ایرانی را در دانشگاه شیراز سازمان داد.
فرای سفرهای متعددی به ایران کرد که از جمله آنها می‌توان به سفرش در اوایل دهه هشتاد اشاره کرد. که در آن سفر با سید محمد خاتمی رییس جمهور وقت کشورمان دیدار کرد.
کتب و مقالات متعدد او درباره تاریخ ایران اغلب به عنوان منابع علمی ایرانشناسی مورد استفاده قرار می‌گیرد.
او یکی از پژوهشگران برجسته ای بود که بارها از موضع ایران درباره نام خلیج فارس دفاع کرده است. نلسون فرای از سال ۲۰۰۱ تا ۲۰۱۰ عضو افتخاری سازمان پرشن گلف آنلاین بود و همواره با ارسال نامه به تحریف کنندگان از نام خلیج فارس دفاع نمود.
فرای دارای همسری ایرانی-آشوری به نام عدن نبی بود و فرزندان وی به موجب علاقه به ایران، دین خود را به زرتشتی تغییر داده بودند. او در ۹۱ سالگی و در مرداد ۱۳۸۹ (ژوئیه ۲۰۱۰) از سوی محمود احمدی‌نژاد خانه‌ای تاریخی و مجلل در اصفهان برای زندگی در ایران تا پایان عمرش دریافت کرد.
خبر اهدای خانه به فرای بازتاب گسترده ای داشت اما هیچ وقت این خانه به منزل فرای تبدیل نشد.
فرای که استاد بازنشسته دانشگاه هاروارد بود، روز هشتم فروردین در سن ۹۴ سالگی در شهر بوستون درگذشت.
او در وصیتش خواسته است تا پس از مرگش در اصفهان و در کنار رودخانه زاینده رود نزدیک آرامگاه پروفسور آرتور پوپ شرق‌شناس معروف به خاک سپرده شود.