محمد قاسم پناهی سرپرست سازمان امور مالیاتی کشور در دستورالعملی نحوه پرداخت این مالیات را اعلام کرد. بر این اساس:
۱. کلیه مراکز درمانی اعم از دولتی و خصوصی، وابسته به نهادهای عمومی غیر دولتی، نیروهای مسلح، خیریه‌ها و شرکت‌های دولتی مکلف به اجرای مقررات بند ک تبصره ۶ قانون مذکور خواهند بود.
۲. مقررات بند مذکور صرفا ناظر بر حق‌الزحمه یا حق‌العمل پزشکی پزشکان بوده و سایر شاغلین به حرفه‌های پزشکی از جمله دکترهای داروساز و دکترای علوم آزمایشگاهی، مشمول حکم این بند نخواهند بود.
۳. درآمد پزشکانی که با مراکز درمانی دارای رابطه استخدامی بوده و مشمول مقررات فصل مالیات بر درآمد حقوق هستند، از شمول مقررات این دستورالعمل خارج است.
۴. مراکز درمانی مکلفند ۱۰ درصد از حق الزحمه یا حق‌العملی را که به موجب دریافت وجه صورتحساب ارسالی به بیمه‌ها و یا دریافت نقدی از طرف بیمار، به پزشکان مشمول این دستورالعمل، پرداخت می‌کنند به عنوان علی‌الحساب مالیات کسر و تا پایان ماه بعد از وصول مبلغ صورتحساب، طی قبض دریافتی از اداره امور مالیاتی مربوط به نام پزشک به حساب سازمان امور مالیاتی کشور واریز کنند.
۵. ملاک اعمال این مقررات پرداخت وجه به پزشکان است و بنابراین در صورت پرداخت وجه حق‌الزحمه یا حق‌العمل پزشکان به صورت علی الحساب فارغ از دریافت مبالغ آن از بیمه‌ها، پرداختی مذکور مشمول مقررات این دستورالعمل خواهد بود.
۶. مقررات این دستورالعمل صرفاً شامل حق‌الزحمه یا حق‌العمل‌هایی است که ارائه خدمات و درآمد آن در سال ۱۳۹۸ تحقق یافته و در سال مذکور نیز پرداخت میشود.
۷. کسور مذکور به عنوان علی الحساب از مالیات عملکرد سال ۱۳۹۸ پزشکان قابل کسر خواهد بود.
